Menigheten ble dannet 5. mars 1934 med 25 medlemmer. Menighetens formann var Martin Kaarigstad. Forut for dette: Møter med Fredrik Franson og Albert Lunde hadde skapt behov for en fri alliansemenighet. I 1936 ble menigheten tilsluttet Det Norske Misjonsforbund, DNM. DNMs motto fra den første tiden og til i dag er "Guds barns enhet og menneskers frelse".
Menighetens første kirkebygg var den gamle Elementfabrikken som gav plass til 600 mennesker. Samme året fikk menigheten navnet Salem Evangeliske Forsamling.
I 1959 startet Hamretun Bibelcamping opp. Den ble drevet i over 30 år.
I 1961 ble nybygget i Henrik Wergelandsgate 67 innviet og tatt i bruk. Menigheten tok navnet Salem Evangeliske Frikirke. Fra 1984: Salem Misjonsmenighet.
I 2003 flyttet Salem Misjonsmenighet over på Lund og inn i de nye lokalene den har i dag.
Menigheten har i årenes løp også vært med i plantingen av nye menigheter:
1979: Marnardal Misjonsmenighet
1979: Søgne Misjonsmenighet (I dag: Oasen Bibelsenter)
1984: Randesund Misjonsmenighet
1994: Salem Vest Misjonsmenighet
